ＥＭ的功能
－ＥＭ能夠加速有機質的分解並且防止腐壞。
－ＥＭ能夠回復土壤的肥力並且增進土壤內微生物的活動。
－ＥＭ能夠提升土壤的溫度，幫助作物度過冬季及春季的嚴寒，並且能夠增加土壤聚水力。
－ＥＭ能夠縮短發芽時間，並且提升根部生長效率。
－ＥＭ能夠減少對於環境有害的氣體，並且消除臭味。
簡而言之，ＥＭ能夠被廣泛使用於生活的周遭，只要環境中存在著有機質。例如：居家環境、生態花園、水池、魚類的飼養、動物的畜養、農業、化糞池、污水處理、堆肥處理、下水道系統整治及廢棄物處理區、工業環境。。。等等，ＥＭ有效微生物都能有不同用途且顯著的功效。
抗氧化原則
ＥＭ微生物所產生的抗氧化物質能夠中和自由基並且保持可再生能力的環境。
氧化作用
氧與物質之間的連結。（例如：鐵＋氧＝生鏽，切碎的蘋果＋氧＝棕色的切割面）
自由基的增加會對環境造成損害，對身體內部亦然。而氧化作用正是產生自由基的關鍵過程。
抗氧化作用
氧與物質之間的連結被中斷，或是反向的連結。（例如：生鏽的防止或是逆轉，或是被切割過後的蘋果能夠保存更久而不變色）
ＥＭ有效微生物會產生大量的抗氧化劑，其中主要包括具有催化活性的多醣體，螯合性礦物質及維生素Ｃ、維生素Ｅ與微量營養素。
發酵原則
發酵的定義是指利用細菌、蕈菇類、細胞培養或是添加酶轉換有機質的生物技術。這樣的技術讓醫療用途的產品能夠藉由工業技術的提升而合成出來，比如說胰島素、青黴素及其他不同種類的抗生素。
ＥＭ微生物能夠形成某些用化學都很難合成的物質，而在發酵過程當中，ＥＭ微生物能夠提供足夠且強韌的抗氧化物質，進而協助酶、維他命、氨基酸、生物活性物質的產生。而不是產生由氧化腐爛所帶出的代謝產物，例如氨、一氧化二氮、甲烷等物質。
最好的發酵例子就是泡菜的生產過程了。在這個過程當中會產生大量的維他命Ｃ，而有趣的是，原本拿來當作原料的白菜的維他命Ｃ含量沒有這麼高，這些維他命Ｃ是從哪來的呢？這就是要歸功於在這個例子中擔任發酵主角的菌種，也就是乳酸菌。
ＥＭ的優勢原則
自然界中存在著三種形態的微生物
(1)腐化型的菌種（專司腐化、腐生、腐敗的菌種）
(2)中立型的菌種（機會主義菌種，哪種菌種取得優勢就倒向它）
(3)益生型的菌種（專司發酵、再生的建設型菌種）
ＥＭ可以被歸類於益生型的菌種，他們可以直接或間接地防止腐敗過程，因此能夠保持微生物環境的活力與健康。
然而腐化型的菌種的生態完全跟益生型的菌種作用恰好相反。而中立型的菌種形成最大的聚落，並且附著於在這個環境中取得優勢的菌種上（腐化型菌種或是益生型菌種）並且開始協助優勢菌種進行腐化（如果腐化型取得優勢）或是發酵、再生（如果益生型菌種取得優勢）。所以當我們製造出一個充滿益生型菌種環境的時候，中立型菌種就會跟隨著益生菌一同進行發酵、再生的過程。因此，我們能夠藉由使用ＥＭ菌建立益生型菌種的環境，並且保持環境一直處於益生型菌種優勢的情況。
