使用EM於污水處理除了能夠完全消除污水臭味之外，更能增進污水處理設施的效率。有效微生物與微營養素協助水中的微生物群的代謝反應，這能帶給水中更多氧氣，更少的水質污染問題(例如水面漂浮的污垢及粘液)。